Операция возмездия
Уже в день покушения, 27 мая, статс-секретарь Протектората Карл Франк ввёл на его территории
чрезвычайное положение. Гиммлер отдал приказ о проведении карательных мероприятий
[18]. 3 июня гестапо получило сведения о том, что к убийству могли быть причастны два чешских пилота, которые бежали в Великобританию, но родственники которых жили в деревне
Лидице. Несмотря на то, что эта информация не подтвердилась, было принято решение об уничтожении деревни
[19].
Вечером 9 июня деревня была окружена немцами. Все мужчины старше 16 лет (172 человека) были заперты на одной из ферм и утром расстреляны, 195 женщин были отправлены в концентрационный лагерь
Равенсбрюк, дети доставлены в Центральное бюро по делам переселенцев города
Лицманштадт (
нем. Umwandererzentralstelle Litzmannstadt) и впоследствии
распределены по немецким семьям, следы большинства из них были потеряны
[20]. Большинство построек были сожжены.
После убийства Гейдриха часть бойцов Сопротивления, включая всех парашютистов, укрывались в
крипте кафедрального собора святых Кирилла и Мефодия Чешской православной Церкви в Праге. 16 июня один из участников Сопротивления, Карел Чурда, выдал гестапо имена и места жительства десятков борцов и членов их семей. В ходе допросов немцы узнали, что парашютисты укрываются в соборе. 18 июня войска под командованием
бригаденфюрера СС Карла фон Тройенфельда провели штурм церкви. Оказавшись в безвыходной ситуации, защитники церкви покончили с собой (Ян Кубиш умер от ран позднее)
[21]. 4 сентября были расстреляны священники кафедрального собора Вацлав Чикл и Владимир Петршик, староста храма Ян Сонневенд и добровольно присоединившийся к ним епископ Пражский
Горазд. 27 сентября Чешская православная церковь была запрещена, её имущество конфисковано духовенство подвергнуто арестам и заключениям
[22]. Были расстреляны и многие арестованные участники Сопротивления, члены их семей и сочувствующие. В одном из докладов гестапо говорится о расстреле 1331 человека, в том числе 201 женщины
[23].